Detail předmětu

Praktikum z molekulární biotechnologie

FCH-MC_MOB_PAk. rok: 2023/2024

Kurz je zaměřen na praktické zvládnutí metody polymerázové řetězové reakce (PCR) při identifikaci bakterií rodu Lactobacillus v mléčném výrobku (probiotický nápoj). DNA v kvalitě vhodné pro PCR je izolována z mléčného výrobku. Po ověření koncentrace a kvality DNA jsou připraveny směsi pro PCR a DNA je amplifikována v konvenční PCR a v PCR v reálném čase. Součástí kurzu je vypracování protokolů formou posterů, také přednáška a PC cvičení z bioinformatiky.

Jazyk výuky

čeština

Počet kreditů

3

Vstupní znalosti

Je doporučené souběžně si zapsat předmět Bioanalytické metody.

Pravidla hodnocení a ukončení předmětu

Praktikum je ukončeno testem a kontrolou protokolů ze všech praktických úloh a z PC cvičení.


Účast v praktiku je povinná.

Učební cíle

Cílem praktika je praktické zvládnutí základních technik práce s DNA, zejména její amplifikace v PCR. Dalším cílem je zvládnutí přípravy posteru.
Praktické znalosti základních metod používaných při analýze DNA.

Základní literatura

Španová A., Rittich B.: Analýza vybraných druhů baktérií mléčného kvašení pomocí metod molekulární biologie (CS)

Doporučená literatura

Němcová, A.: Praktikum z molekulární biotechnologie, FCH VUT (elektronická učební podpora, dostupné na: https://moodle.vut.cz/course/view.php?id=242687) (CS)

eLearning

Zařazení předmětu ve studijních plánech

  • Program NPCP_CHMA magisterský navazující

    specializace CHBL , 1. ročník, zimní semestr, povinně volitelný

  • Program NPCP_PCHBT magisterský navazující, 1. ročník, zimní semestr, povinně volitelný

Typ (způsob) výuky

 

Konzultace v kombinovaném studiu

52 hod., nepovinná

Vyučující / Lektor

Laboratorní cvičení

52 hod., povinná

Vyučující / Lektor

Osnova

1. Bezpečnost práce. Uspořádání PCR laboratoře. Pipetování malých objemů.
2. Kultivace buněk Lactobacillus pro izolaci bakteriální DNA. Ověření čistoty bakteriální kultury.
3. Lyze buněk a příprava hrubého lyzátu. Deproteinace DNA pomocí fenolu. Srážení DNA ethanolem.
4. Lyze buněk a izolace DNA pomocí kitové soupravy.
5. Ověření intaktnosti DNA z obou forem izolací pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Vizualizace DNA a dokumentace gelu. Vypracování protokolu formou posteru.
6. Spektrofotometrické stanovení koncentrace a čistoty DNA. Příprava směsi pro amplifikaci specifického úseku DNA Lactobacillus s použitím purifikované DNA matrice. Příprava negativní kontroly. Provedení PCR reakce.
7. Detekce produktů PCR pomocí gelové elektroforézy na agaróze. Výpočet délky amplikonu pomocí standardu s využitím programu Bionumerics. Vypracování protokolu formou posteru.
8. Izolace celkové DNA z hrubých lyzátů buněk mléčného výrobku (probiotického nápoje) s využitím magnetických částic P (HEMA-co-GMA).
9. Příprava směsi pro amplifikaci a amplifikace DNA pomocí PCR v reálném čase (RT_PCR). Vypracování protokolu formou posteru.
10. Seznámení se základy bioinformatiky ve formě přednášky.
11.–12. Seznámení se se základy bioinformatiky ve formě praktického procvičení na PC.
13. Test a kontrola protokolů.

eLearning